Según el Acta que Institucionaliza al Proyecto Mesoamérica, la Dirección Ejecutiva es la instancia de apoyo de la Comisión Ejecutiva que aplica y da seguimiento a los lineamientos y acciones emanadas de la misma, estableciendo su sede en la República de El Salvador.

Sus actividades están regidas por lo dispuesto en el Reglamento de Funcionamiento del Proyecto Mesoamérica.

Las funciones de la Dirección Ejecutiva son las siguientes:

  1. Dar seguimiento y elaborar informes semestrales y anuales de los avances del Proyecto Mesoamérica con base en los Planes de Trabajo ratificados por la Comisión Ejecutiva. Estos informes deberán ser presentados a la Comisión Ejecutiva para su aprobación. 
  1. Elaborar la propuesta de Proyecto de Presupuesto anual que deberá presentarse a la Comisión Ejecutiva para su aprobación, a más tardar la última semana del mes de octubre del año anterior. 
  1. Elaborar informes semestrales y anuales de los resultados de su gestión, así como un informe financiero. Estos informes deberán ser presentados a la Comisión Ejecutiva para su consideración y análisis. Para efectos ilustrativos y de información, se harán llegar también a la Secretaría General del SICA. 
  1. Desempeñar las funciones de apoyo logístico y operativo de la Comisión Ejecutiva, y brindar opiniones técnicas sobre propuestas y recomendaciones presentadas a ésta. Dichas opiniones podrán incluir temas diversos y seguirán el procedimiento aprobado por la Comisión Ejecutiva. 
  1. Sugerir a la Comisión Ejecutiva, la promoción de los temas relacionados con el Proyecto Mesoamérica en el proceso de las reuniones de los Mandatarios, Cancilleres u otras instancias regionales. 
  1. Proponer a la Presidencia Pro Témpore del Proyecto Mesoamérica temas de agenda para las reuniones de la Comisión Ejecutiva. 
  1. Apoyar y facilitar la coordinación del trabajo de las instituciones miembros del Grupo Técnico Interinstitucional para la ejecución de las tareas requeridas por la Comisión Ejecutiva, en coordinación con los Comisionados y las Comisiones Técnicas, así como proponer a la Comisión Ejecutiva la contratación de consultorías, cuando así se requiera. 
  1. Servir de unidad de información, así como facilitar la coordinación entre la Comisión Ejecutiva y el Grupo Técnico Interinstitucional y con otras entidades que le solicite la Comisión Ejecutiva.
  1. Tomar decisiones, previa autorización de la Comisión Ejecutiva, sobre recursos financieros generales que puedan ser asignados para apoyar su gestión. 
  1. Participar en las reuniones de la Comisión Ejecutiva con voz, pero sin derecho a voto. 
  1. Dar seguimiento a las reuniones de las Comisiones Técnicas y grupos de trabajo regionales. 
  1. Representar a la Comisión Ejecutiva en las actividades que le encomiende la misma. 
  1. Organizar todas las reuniones que le encomiende la Comisión Ejecutiva, en coordinación con la Presidencia Pro Témpore. 
  1. Aquellas otras que le asigne la Comisión Ejecutiva.