El Acta que Institucionaliza al PM, firmada en 2009, establece a la Comisión Ejecutiva como la instancia que tiene a su cargo la planificación, coordinación y seguimiento de la ejecución de todos los proyectos y acciones que se adopten al amparo del Proyecto Mesoamérica.

La Comisión Ejecutiva estará integrada por los Comisionados Presidenciales y el Comisionado designado por el Primer Ministro de Belize, y en su caso, por los Comisionados Presidenciales Adjuntos a quienes se delegue este cargo, por parte de los 10 Estados Miembros de Proyecto Mesoamérica.

Funciones de la Comisión Ejecutiva:

1. Velar por el cumplimiento de los objetivos del Proyecto Mesoamérica  y someter a la decisión de los Jefes de Estado y de Gobierno las propuestas vinculadas que  así lo requieran, previa coordinación con los Cancilleres de los Países Miembros.
2.  Dar seguimiento a la ejecución de  los Planes de Trabajo para cada uno de los programas y proyectos aprobados por los ministros responsables en cada país.
3. Integrar Grupos de Apoyo ad hoc y/o Comisiones Técnicas para objetivos específicos relacionados con el desarrollo de proyectos y actividades inherentes al Proyecto Mesoamérica.
4. Coordinar y dar lineamientos al Grupo Técnico Interinstitucional (GTI) sobre las acciones necesarias para el cumplimiento de los objetivos del  Proyecto Mesoamérica.
5. Coordinar con la Comisión de Promoción y Financiamiento (CPF) las acciones y estrategias para la promoción y búsqueda de recursos financieros y de cooperación que se requieran para la ejecución de los proyectos.
6. Coordinar e impulsar a nivel regional los proyectos de la agenda del Proyecto Mesoamérica.
7. Fungir como vocera oficial del Proyecto Mesoamérica y divulgar ampliamente sus objetivos, contenidos, alcances y avances. 
8. Establecer las alianzas pertinentes con el sector privado, académico y con las organizaciones de la sociedad civil, conforme a sus objetivos.
9. Emitir recomendaciones a la Cumbre de Mandatarios sobre la incorporación de nuevos miembros y observadores, y cuando se admitan nuevos miembros, suscribir el correspondiente convenio de adhesión.
10. Elegir al titular de la Dirección Ejecutiva con base en el perfil que la propia Comisión Ejecutiva establezca.
11. Ejercer la dirección política y administrativa sobre la Dirección Ejecutiva.
12. Elaborar el Reglamento de funcionamiento del Proyecto Mesoamérica.
13. Cualquier otra que le asigne la Cumbre de Jefes de Estado y de Gobierno.

La Comisión Ejecutiva se reunirá de manera periódica en el lugar y fecha que determine, y tomará sus decisiones según lo establezca el Reglamento de funcionamiento del  Proyecto Mesoamérica.